A) Comisión Jurídica político. Esta comisión realiza las iniciativas y acciones relacionados con la defensa y el fortalecimiento del sistema de organización jurídico y político comunitario, poniendo mayor énfasis en la defensa legal y política del proyecto general de la asociación y todos los asociados
B) Comisión de educación y cultura. Tiene a su cargo todas las iniciativas, proyectos y acciones relacionados con la educación indígena, e intercultural en el ámbito municipal y regional y el fortalecimiento de la cultura e identidad ayuuk, a si mismo tiene relación de trabajo con otras instituciones, iniciativas y actividades que tengan fines culturales y educativos similares a la asociación.
C) Comisión de salud y gestión social. Esta comisión tiene la función de concebir e implementar las iniciativas, proyectos y acciones relacionadas con los problemas de salud que tenga la municipalidad, promoviendo alternativas innovadoras y pertinentes desde una óptica intercultural y complementaria. Además hace la gestión ante las instituciones que correspondan respeto de las necesidades sociales básicas que los ciudadanos y ciudadanas planteen a la organización y tenga el apoyo y el respaldo de los asociados.
D) Comisión de desarrollo sustentable. Esta comisión se aboca a la defensa y aprovechamiento sustentable de las tierras, territorios y recursos naturales de San Juan Guichicovi, e implementa proyectos y acciones relacionadas con la agricultura sostenible, la comercialización e industrialización de los productos, a si como otros proyectos económicos que incentiven el desarrollo comunitario.
E) Comisión de equidad de género y mujer mixe. Esta comisión promueve la equidad de género, tanto a nivel de los asociados como en el ámbito comunitario, e impulsa acciones específicas de apoyo a la mujer mixe a fin de combatir las desigualdades existentes y propiciar una mayor participación en la vida comunitaria.
F) Comisión de comunicación. Esta comisión atiende los problemas comunitarios relacionados con la cuestión de la comunicación (Radio, Televisión, Telecomunicaciones, infraestructura caminera, entre otros) y busca las alternativas pertinentes en un marco de gestión y colaboración con otras instancias o iniciativas a fines.
